7.1.动物样品的采集及处理方法 遗传学数据在野生动物和圈养动物的保护和管理中变得日益重要。在本文中,我们总结了一些能简便而有效地获得样品及数据的方法。 我们在采集样品之前,最好对将要进行的遗传学分析有所了解。然而,采集者并非都是研究者,当采集地与实验室
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动植物样品的采集及DNA样品的提取

点击:   作者:   来源:  时间: 2007-03-07  本站论坛

(9)按沉淀物的大小用少量悬浮缓冲液(10~100 μl)悬浮DNA。
(l0)用100μg/ml RNAase 在 37℃下温育 30~60 分钟。
(11)如果组织包含单宁或其他次级产物,可以对 DNA 作进一步纯化(可用氯仿、苯酚纯化)。一些材料可能需要用氯铯(CsCl)梯度纯化。上述方法也可以进行改进,像巯基乙醇的浓度可以提高至 25mmol/dm3,也可加入 l%的抗坏血酸、DTT 等,CTAB 也可用 SDS 取代(Golenberg 等1990),也可用 TE(10mmol/dmTris-HCI,pH 值 8.0,lmmol/dm3EDTA)作悬浮缓冲液。

 


 


7.3.l.2 CTAB 沉淀法
1.材料
2 倍CTAB 分离缓冲液;沉淀缓冲液:
100 mmol/dm3Tris-HCI,pH 值 8.0;20 mmol/dm3EDTA;2%CTAB(w/V)。
2.步骤
(1)与7.3.1.1 中前4 个步骤同。
(2)吸取上层水相,将其例入一个15ml 管中。
(3)加 3 倍体积的沉淀缓冲液,使NaCI 的浓度减少到 0.35mol/dm,室温下放置 30分钟。
(4)室温下 2 000r/min 离心 5 分钟,以沉淀 DNA。
(5)根据沉淀物的大小,用少量的悬浮缓冲液(10~100μl)悬浮DNA。
(6)虽然氯仿或苯酚提取DNA 是有效的,但是对那些包含单宁或其他次级产物的组织,可以在氯化铯梯度上进一步纯化。
7.3.2 蛋白质沉淀方法
这个方法可以产生高质量的DNA,但产量也是最低的。一般在沉淀核酸之前用乙酸钾沉

 

淀蛋白质和多糖(Dellaporta 等1983;Galau 等1988;Hughes,Galau 1988)。此方法不需要有机提取,而且快速,所以对大量样品比较合适。
1.材料
提取缓冲液:100mmol/dm3 Tris-HCI,pH 值8.0;50mmol/dm3EDTA,pH 值8.0;500mmol/dm3 NaCl;2%SDS(w/v);l%PVP-360(w/v);0.1%β-巯基乙醇(体积比),用之前在通风橱中加。
2.步骤
(1)用液氮在研钵中研磨1.0g 新鲜叶子,可以加一些石英砂帮助研磨。将研磨完毕的粉末贮存在-80℃冰箱中,在加提取液之前,不要让植物材料融化。
(2)在冰冻的组织中加 6ml 提取缓冲液,转到一个15ml 的离心管中,充分振荡大约30 秒钟,使之混合均匀,然后在65℃下放置20 分钟。
(3)往管中加入2ml 5mol/dm乙酸钾(pH 值6.5),充分摇匀,在冰水中放置5 分钟。随着不溶的十二烷基硫酸钾的沉淀,大部分蛋白质和多糖作为复合物被除去了。
(4)在 4℃下 2 000r/min 离心 20 分钟。
(5)吸出上清液,将其倒入一个干净的 15ml 的离心管中,不要带入颗粒物质,然后加 4ml 异丙醇轻轻混合,在-20℃下放置。
(6)在4℃下 2 000r/min 离心 15 秒钟,DNA 沉淀后,轻轻地倒掉上清液,在纸巾上倒扣10 分钟或更长时间,以干燥沉淀物。
(7)将沉淀物放在 100TE 中溶解,然后将溶液倒入一个1.sml 离心管中,离心 5分钟,移去不溶的沉淀。
(8)将管中上清液倒入另一个 1.5ml 离心管中,加 75μl 3mol/dm3 NaAc(pH 值 7.6)和500μl 冷异丙醇,充分混合,在—20℃下放置1~2 小时,拿出后再在室温下放10 秒钟,使管中DNA 沉淀。
(9)用 500μl 80%乙醇洗沉淀物 10 分钟,离心 1 分钟,干燥沉淀物 10 分钟。
(10)根据DNA 沉淀物的大小,用少量的 TE(10~100μl)溶解DNA。
7.3.3 氯化铯方法
这个方法的原理是根据在氯化铯(CsCl)中的不同密度梯度来分离细胞成分。此方法可以产生大量高纯度的DNA,但费时,而且需昂贵的仪器设备,对需要复杂的有机提取或沉淀的材料比较适合(Carr,Griffith 1987;Weeks 等 1986)。在一些情况下,它可能是在含大量次级产物的植物中提取高质量DNA 的唯一方法。DNA 可以在一个平衡的CsCl 梯度中通过与以下几个染料中的一个结合而被纯化, 这几个染料为溴化乙锭( Ethidium bromide)、Bisbenzimicle、碘化丙锭(propidium iodide)、Bisbenzimide,它们不同的浮力密度对分离不同的染色体组特别有用。
7.3.4 PCR 小量制备法
此方法的优点是一次可以提纯很多样品,比较快速,而且小于10mg(50mm)的新鲜叶子材料就可以产生足够的DNA,产生的DNA 对杂交实验是可用的(Millgan 1992)。这个方法存在的问题是DNA 沉淀物可能不够紧密,或不一定能形成一紧密的DNA 沉淀。
1. 材料
分离缓冲液:200 mmol/dm3Tris-HCI,pH 值 8.0;250 mmol/dmNaCI;25 mmol/dmEDTA;
0.5 % SDS。
2.步骤
(1)用1.5ml 离心管研磨小的组织样品。可取管口大小的新鲜叶子(<10mg),冻在液氮中
的叶子也可用。
(2)在研碎的样品中加 400μl 的分离缓冲液,用适合的速度涡旋 10 秒钟,以分散开样品。
(3)在室温下将1.5ml 离心管中样品离心 12~15 分钟,沉淀细胞内物质。
(4)搜集300μl 的上清液,弃去沉淀。
(5)在上清液中加300μl 预冷异丙醇,倒转样品1~3 次,使之充分混合,在室温下至少放
置5 分钟。
(6)将微离心管中的样品在室温下离心20 分钟,以搜集沉淀的DNA。
(7)弃去上清液,用300μl 80%的乙醇室温下沉淀 10 分钟。
(8)室温下离心样品12 分钟,弃去上清液。
(9)用300μl 80%的乙醇再洗后,室温下离心 5 分钟,弃去上清液。
(10)室温下干燥样品1 小时或将样品放过夜。
(11)用 100μl TE 悬浮样品。

 


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