临床样品基因组DNA小量抽提标准操作规程(SOP)
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  • 临床样品基因组DNA小量抽提标准操作规程(SOP)

  • 点击:    作者:51protocol收集   来源: 日期:2007-08-27    本站论坛

目的:
1. 从人或动物血液中抽提DNA
2. 从体液,唾液,尿液中抽提DNA
3. 从人体组织,切片和各种临床样品中抽提DNA
4. 抽提出的DNA可以用于PCR及相关诊断。

原理:
临床常常需要从各种生物组织或细胞中抽提基因组DNA,用于病症的辅助性分析和诊断。样品根据试剂盒(SK1341试剂盒,上海生工)提供的方法进行处理,然后在特定的DCL Buffer中用Protenase K和去污剂裂解。用UNIQ-10柱吸附样品中基因组DNA。UNIQ-10能选择性吸附DNA,而不吸附蛋白质和其它非核酸类物质。经简单的洗涤步骤,样品DNA可用Elution Buffer回收。抽提出的DNA可以用于PCR及相关诊断。

样品准备:

1.血液:
① 血液收集:血液必须用ACD(0.48% Citric Acid,1.32% Sodium Citrate,1.47% Glucose)抗凝。6ml血液用1ml ACD抗凝。因为从用肝素抗凝血液中抽提的DNA常有PCR抑制剂存在,不能用于PCR反应。血液4℃可以存放2周左右,-20℃可以放置1~2月。
② 由于红细胞和血小板不含细胞核,血液中的DNA主要来源于白细胞和血液中的病毒等。通常从200µl血液中可获约2~4µg DNA。如果需要较大量的DNA,可以用500µl血液。处理方法如下:500µl血液中加入1ml无菌水,5,000转/分,离心2分钟去上清。用200µl TE将白细胞悬浮起来备用。
③ 新鲜血样品如不能立即用于抽提DNA,可置于4℃,但不要超过2个星期。欲长期储存,请分装成200µl/管,储存于-20℃。


3. 生物组织:
① 5~30mg组织样品用手术刀切成小块,在液氮中碾碎。
② 将粉末收集到1.5-ml离心管中,用200µl TE悬浮。

4.石蜡生物组织:
① 25~30mg石蜡生物组织样品用手术刀切成小块,转入2-ml离心管(用户自备)中。
② 加入1.2ml二甲苯溶剂(用户自备)。用振荡器振荡。(目的是除去石蜡)
③ 用台式高速离心机,12,000转/分,室温离心5分钟。
④ 小心移走上清,注意不要移走沉淀物质。
⑤ 加入1.2ml无水乙醇,小心用振荡器振荡,室温放置1分钟。
⑥ 室温,12,000转/分,离心5分钟。
⑦ 重复步骤④~⑥一次以除去残留的二甲苯溶剂。
⑧ 打开离心管盖,小心弃上清,37℃保温10~15分钟以除去残留的乙醇。
⑨ 样品用200μl TE 悬浮。

5.生物体液:
① 将体液转移到离心管中,根据体液的性质,确定体液的用量。如果体液的体积小于200μl,可以直接使用。
② 5,000 转/分,室温离心10分钟。
③ 小心移走上清,沉淀用200μl TE悬浮。

6.尿液:
① 将尿液转移到离心管中,5,000 转/分,室温离心10分钟。
② 小心移走上清,沉淀用200μl TE悬浮。

7.眼、鼻、喉等拭样(Swabs)
① 将拭样(Swabs)转移到离心管中,加入2ml PBS(或生理盐水,用户自备),室温浸泡2~5小时。
② 5,000转/分,室温离心10分钟。
③ 小心移走上清,沉淀用200μl TE悬浮。



8.福尔马林处理的样品:
① 将25~30mg福尔马林处理样品用手术刀切成小块,转入离心管(用户自备)中。
② 加入2ml PBS(或生理盐水),室温浸泡30分钟。
③ 5,000 转/分,室温离心10分钟。
④ 小心移走上清,重复步骤②-③一次。
⑤ 小心移走上清,沉淀用200μl TE悬浮。

注意:
① 如果样品的体积不足200μl,加入TE补足到200μl。
② 如果样品不能马上用于抽提DNA,可于-20℃保存备用。
③ 样品不能反复冻融,否则DNA的完整性(长度)和产率都会受到影响。
④ 样品不要太多,否则DNA的纯度和产率反而下降。

操作步骤:
1.在按样品准备方法制备的200μl样品中,加入400μl DCL Buffer,混匀; 加入3μl Proteinase K,混匀,55℃保温5~10分钟。
注意:① 应按次序加入,不得将Proteinase K先混入DCL Buffer,再加到样品中。② 保温时间取决于样品的类型。对于细胞样品,55℃保温5分钟足以使细胞裂解,释放出DNA。而对于组织类样品,55℃保温则视降解效果而定。降解完全的样品应是透明不粘稠的液体。组织类样品一般在1-3小时内作用完全。过夜处理通常不影响产率。

2.加入260μl 无水乙醇,混匀,然后用1-ml Tip头将样品全部转移到UNIQ-10柱,柱子放入2.0-ml Collection Tube。

3.用台式离心机,10,000转/分,室温离心1分钟。

4. 取下UNIQ-10柱,弃去Collection Tube中的废液。将柱子放回同一根Collection Tube中,加入500μl Wash Solution,10,000转/分,室温离心1分钟。

5.重复步骤4一次。

6.取下UNIQ-10柱,弃去Collection Tube中的全部废液。将柱子放回同一根Collection Tube中,10,000转/分,室温离心1分钟,以除去残留的Wash Solution。

7.将柱子放入新的无菌的1.5 ml离心管中,在柱子中央加入50μl Elution Buffer,室温放置2分钟。

8.10,000转/分,室温离心1分钟。离心管中的液体即为DNA。根据用途,样品可于4℃或-20℃保存。
注意:① 为提高洗脱效率,可以将柱子在37-55℃保温2分钟。② 如果样品中DNA含量很低,用30μl Elution Buffer洗脱可以提高洗脱液的样品浓度。但是,产率有所下降。③ 重复步骤7-8,可以提高产率20%。

9.用分光光度计按1OD260=50µg测量DNA含量,并通过0.7%琼脂糖电泳凝胶判定DNA的完整性,也可以判定样品中是否有RNA。该试剂盒抽提出来的DNA长度可在50kb以上。

注意:
① 血液样品中的DNA产量取决于血细胞的数量。
② 从琼脂糖凝胶仅能观察到白细胞DNA,血清中病毒DNA因含量太少,不能用琼脂糖凝胶直接观察。③ 通常50μl PCR反应体系中用1-5μl DNA抽提液。
主要参考文献:参阅Sangon提供的试剂盒操作手册。


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