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  • 实时定量RT-PCR检测急性白血病患者中WT1表达

  • 点击:    作者:   来源: 日期:2007-03-07    本站论坛
260,OD280吸光值(A),计算RNA含量。
5 cDNA链合成:逆转录反应体积为40ul,包括标本RNA 2ug,六随机引物100ng,5×逆转录buffer 5 ul, 10 mM dNTP 1.25 ul, Rnasin 25 U, 逆转录酶200 U。37℃ 45 min, 95℃ 5 min, -20℃保存备用。
6 定量阳性模板的克隆:培养K562细胞,在细胞生长的指数期收获细胞,同法提取RNA并逆转录成cDNA,Primer Premier软件设计引物(正义:5’-AGA GCG ATA ACC AC CAA CG- 3’;反义: 5’- GGC GTT TCT CAC TGG TCT CA -3’)扩增含WT1靶序的150bp的片段,纯化、测序后克隆至pMD18-T载体(上海申友公司),抽提、纯化重组质粒,测OD值,根据分子量及阿佛加德罗常数(6.023×1023分子数/mol)换算为分子拷贝数,按1011拷贝/ul浓度冻存于-20℃备用。GAPDH阳性模板由上海肿瘤研究所董强刚教授提供,以109拷贝/ul浓度存于-20℃备用。

 


 


7 实时定量RT-PCR检测:采用LightCycler(Roche, Mannheim, Germany)荧光定量PCR仪检测。以β胆色原脱氢酶(GAPDH)的表达作为内参。GAPDH的引物及TaqMan探针序列参见美国ABI公司(www.appliedbiosystem.com/user bulletin #2); WT1的引物及TaqMan探针序列由Primer Premier引物设计软件设计,正义:5’-AGA ATA CAC ACG CAC GGT GTC T-3’; 反义:5’-GA GCC GAC CGT ACA AGA GTC-3’; TaqMan探针序列:5’-FAM-CTC CAG GCA CAC GTC GCA CAT CCT G-TAMARA-3’,PCR扩增产物为86bp。RT-PCR反应体系:10×PCR buffer 2.5 ul, 25 mM MgCl2 1.5 ul(1.5 mM), 10 mM dNTP 0.5 ul(0.2 mM),5 U/ul Taq酶0.5 ul(0.1 U/ul), 10 mM引物及探针各1 ul(0.4 uM), cDNA 2 ul(相当于100 ng RNA),加双蒸水补足反应总体积为25 ul。反应条件为:50℃ 3 min预变性, 95℃ 5 min热启动,然后95℃ 20s变性, 60℃ 60s退火延伸, 40~50个循环,60℃延伸时采集荧光信号。将WT1已知阳性模板从108~101倍比稀释。以PCR循环数- △Rn作扩增曲线(△Rn=FAM信号/TAMRA信号-基线荧光信号),根据曲线即可确定CT(threshold cycle,循环阈值,即产生可被Camera探测到的FAM信号所需的最少循环数)。以一系列已知数量的DNA及其CT值作标准曲线,斜率控制在-3.20 ~ -3..50之间(最好是 -3.32),相关系数(γ)>0.998,待测样本中WT1的量即可根据其CT值从标准曲线上读出(如图1所示)。对于每一份标本均行复管检测,取其均值做为WT1表达水平。GAPDH的RT-PCR反应体系及条件同WT1,反应40个循环。
8 WT1表达计算方法 以看家基因GAPDH表达作为内参照,白血病患者及对照组GAPDH的表达水平一般在104~107拷贝/100ng RNA之间,WT1表达水平在0~106之间,如果GAPDH的表达水平低于104,则本份标本视为RNA质量不合格予以剔除。阳性对照WT1表达为105拷贝/100ng RNA,以同一份标本(WT1拷贝数/GAPDH拷贝数)×104 来计算WT1表达水平,定义为WT1N (normalized WT1 expression level)。

WT1质粒由108~101倍比稀释标准曲线图。显示了CT值与起始循环靶分子数的对数成线性相关,可以用来计算待测样本中WT1的表达水平。曲线斜率为-3.33,相关系数为-1.00。
图1 WT1基因扩增循环数与靶分子数关系标准曲线图

9 统计学处理 采用spss统计软件,计量资料呈非正态分布,用中位数(Median)描述,采用非参数分析各组间差异,非参数相关分析WT1与相关变量间关系,以P<0.05 为显著统计学差异。
结果
1 急性白血病患者不同病程阶段WT1N 表达水平的变化
108例急性白血病患者中因RNA质量而剔除4例,余104例中初诊占70例,复发组11例,完全缓解组(CR组)占23例,对照组23例,经GAPDH校正后,其WT1N中位表达水平分别为75.10,89.56 ,2.07和 1.51,非参数统计分析(Mann-Whitney检验),结果表明初诊组与复发组分别与CR组及对照组之间WT1N表达水平有非常显著差异 (P<0.01),而对照组与CR组之间及初诊与复发组之间无统计学差异(P>0.05),即初诊急性白血病患者WT1N表达水平明显高于CR组及对照组,复发时同样高于CR组及对照组。

 

 


 


2 急性白血病亚型之间WT1N 表达水平的比较
70例初诊急性白血病患者中AML 63例,ALL 7例,两组间WT1N的中位表达水平(分别为70.61,119.04)无明显差异;AML不同亚型中M1 18例,M2 23 例,M3 9例, M4 6例, M5 7例,AML中以M3亚型WT1N 中位表达最高(135.63),但M1、M2、M3各组间WT1N中位表达水平(M1为69.03,M2为93.62)无明显统计学差异; M5 亚型WT1N中位表达水平最低(23.45),且与ALL、M1、M2、M3各组间存在统计学差异,M1~M3亚型WT1N 中位表达水平明显高于M4、M5亚型。
3 WT1N 表达水平与染色体核型预后相关分析。
70例初诊急性白血病详细记录了染色体核型,以t(8;21)、t(15;17)、inv(16)定为预后良好型,t(9;22)、t(8;14)、伴有11q23异位及其它复杂核型定为预后较差型,分正常核型组31例、预后良好型16例及预后差型23例,非参数分析结果表明预后较差组WT1N 表达水平(155.57)与正常核型组(37.79)及预后良好组(63.81)之间有显著性差异(P<0.05, P<0.01),而正常核型组与预后良好组之间无统计学差异(P>0.05);相关分析发现WT1N 与染色体核型预后因素呈正相关(γ=0.479, p=0.000)。
1 WT1表达水平动态变化
104例急性白血病患者中有26例随访了详细临床资料并同时进行了MDR1定性RT-PCR检测(阴性,弱阳性,强阳性),非参数相关分析结果表明WT1N 表达水平与白血病初诊时外周血WBC计数及骨髓中原始细胞比例及mdr 1表达无明显相关性。

图2 例3(AML-M2)患者诊断时WT1N水平动态检测结果

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