引物与模板的结合及引物链的延伸是遵循碱基配对原则的
合成反应的忠实性及Taq DNA聚合酶耐高温性，使反应中模板与引物的结合（复性）可以在较高的温度下进行，结合的特异性大大增加，被扩增的靶基因片段也就能保持很高的正确度。再通过选择特异性和保守性高的靶基因区，其特异性程度就更高
PCR反应的特异性决定因素
引物与模板DNA特异正确的结合；
碱基配对原则；
Taq DNA聚合酶合成反应的忠实性；
靶基因的特异性与保守性
2.灵敏度高
PCR 产物的生成量是以指数方式增加的，能将皮克 ( pg=10-12 ) 量级的起始待测模板扩增到微克( ug=10-6)水平
从 100 万个细胞中检出一个靶细胞
在病毒的检测中，PCR 的灵敏度可达 3 个RFU (空斑形成单位)
在细菌学中最小检出率为3个细菌
3.简便、快速
PCR反应用耐高温的 Taq DNA聚合酶，一次性地将反应液加好后，即在DNA 扩增液和水浴锅上进行变性-退火-延伸反应，一般在2~4 小时完成扩增反应。扩增产物一般用电泳分析，不一定要用同位素，无放射性污染、易推广
4.对标本的纯度要求低
不需分离病毒或细菌及培养细胞，DNA 粗制品及总 RNA 均可作为扩增模板
可直接用临床标本如血液、体腔液、洗嗽液、毛发、细胞、活组织等粗制的DNA扩增检测
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