即使上述三个方面进行了很好的控制，仍需要密切注意每次检测结果，了解检测结果与其它相关检测方法的一致性。在实验室内部可以2人或多人之间进行PCR检测比对试验，也可以在实验室之间或国际组织之间进行比对试验。对有疑问检测结果，必须认真检查每个操作步骤，找出和改进可能出现的问题。控制PCR检测质量是实验室管理一项长期而艰巨的任务。同时要注意收集PCR检测方面标准颁布情况，根据国家和农业行业标准及时修改和改进PCR检测方法，使得检测合法化和标准化。
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