引物设计软件oligo应用简介
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  • 点击:    作者:   来源: 日期:2007-03-07    本站论坛
再点击Search再点“Fo'r Primers and probes”或使用快捷键F3

出现以下窗口,点OK就OK了。当然你也可以点击“Prameters”和“Search Range”选择你要的参数和你上下游引物的位置及你扩增产物的长度。

出现Search Status窗口,点“OK”

 

 

 

出现Primer pairs窗口,
#代表引物对的编号,
依次为引物对所处的位置、
产物的长度、最适合的退火温度
和GC的百分含量


点击任一行出现“PCR”窗口,告知你扩增片断的位置,最合适的退火温度等等信息。

关掉“PCR窗口”和“primer Pairs窗口”回到原来的窗口你就能看到你引物的序列和位置,图中手型鼠标所指即为引物序列。

至此引物设计已经完成,你可以用“Analyse”菜单分析你的引物:有无引物二聚体、发卡结构等等。

当上下游引物全选好以后,需要对引物进行评价并根据评价对引物进行修改。首先检查引物二聚体尤其是3’端二聚体形成的可能性。需要注意的是,引物二聚体有可能是上游或下游引物自身形成,也有可能是在上下游引物之间形成(cross dimer)。二聚体形成的能值越高,越不符合要求。一般的检测(非克隆)性PCR,对引物位置、产物大小要求较低,因而应尽可能选取不形成二聚体或其能值较低的引物。第二项检查是发夹结构(hairpin);与二聚体相同,发夹结构的能值越低越好。一般来说,这两项结构的能值以不超过4.5为好。当然,在设计克隆目的的PCR引物时,引物两端一般都添加酶切位点,必然存在发夹结构,而且能值不会太低。这种PCR需要通过灵活调控退火温度以达到最好效果,对引物的发夹结构的检测就不应要求太高。第三项检查为GC含量,以45-55%为宜。有一些模板本身的GC含量偏低或偏高,导致引物的GC含量不能被控制在上述范围内,这时应尽量使上下游引物的GC含量以及Tm值保持接近,以有利于退火温度的选择。好了,oligo使用的简单介绍到此结束。谢谢各位!

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