提RNA,可是电泳后什么条带都没有,用的是REDzol,是因为细胞太少了还是别的什么原因,在加了氯仿后没有出现3层,只有沉淀和上清,是不是因为加氯仿到离心隔的时间太久了?
参考见解:
1、 样品量太小;
2、 操作时没有严格按照提RNA的要求做,一般需要带手套,最好带上口罩,所有塑料用品需要用DEPC处理并高压,要在超净台上操作,尽量不让外源的RNA酶降解RNA。
3、 RNA电泳的电泳液和胶必须现配现用,并且要用DEPC处理,电泳槽、制胶板先用蒸馏水洗涤然后用75%的酒精处理,还有,要单独一个槽子跑,不要和其他胶一起跑。跑胶时间控制在10分钟左右。
4、 在加了氯仿后没有出现3层,只有沉淀和上清,可能是加的氯仿量不合适,一般是按0.2ml氯仿/mlTrizol加氯仿的。从加氯仿到离心隔的时间对这个应该没有影响。
5、 在提完RNA后可以测OD值,如果OD值在1.8-2.0之间,说明提的RNA比较纯。
RNA提取可不可以不用DEPC处理,多次灭菌(而不是长时间灭菌)也可以比较有效地灭活RNAse,这种方法确实可行吗?
参考见解:DEPC主要目的是防止RNA酶,其实还有很多其他的方法处理器皿的,如氯仿冲洗,NaOH处理,高温烘烤等另外两次灭菌也可以代替DEPC处理.提RNA的关键在于:防止内源性或外源性RNase降解RNA——对付外源性RNase有两种办法:能烤者烤,能泡者泡。比起其他的核酸实验来说,就多这么一步。其二、RNase分子内部存在二硫键,一般条件变性后很快即可复性,所以极为稳定;而且其作用条件“简单、快捷”——与绝大多数DNase不同,不需要二价阳离子即可迅速发挥酶切作用。所以,要想长期保存RNA标本,DEPC处理溶液、Tip头等都是必不可少的。RNase一般高压不能灭活,如果不用DEPC的话,快速提取,快速使用,不能贮藏。
3个关于乙醇单词:ethanol;alcohol;mercaptoethanol,他们的主要区别是什么,可以互相代替吗?
参考见解:ethanol是乙醇的专业名词,是用在医学,工业等方面,主要是指工业酒精。alcohol也是乙醇,酒精的意思,但是主要是用在饮食行业的名词。mercaptoethanol 是巯基乙醇,不同于前两种,是另外一种物质,是一种还原剂。
RNA提取中DNA是怎么去掉的?在哪一步呢?
参考见解:在加入氯仿离心吸取上清的时候,注意不要吸到中间层。一般都要用DNase处理,即使吸不到中间层,也可能有DNA污染。
组织已经低温保存了一年多了,用来提RNA可以吗?
参考见解:液氮中保存应该可以,但如果是在-70C低温冰箱中则可能降解,建议在液氮中保存时尽量将组织块切小,最好直径在1CM之内,有利于保存并方便下一步RNA提取操作。当然如果条件允许,可以将组织块放入RNAlater后低温保存,只要普通冰箱即可,方便且效果很好。
提取血细胞的RNA,但血凝很快,应该注意什么问题?是不是要加EDTA?用什么方法会更好?
参考见解:
全血提DNA或RNA要用抗凝血,可以用医院里采血管,里面已经加了抗凝剂,或是自己配EDTA、ACD等来抗凝。EDTA抗凝用2.5%的溶液,与血液之间体积比一般是1:10 。
ACD配方:单结晶水柠檬酸 (分子量210.1) 8.0g,柠檬酸三钠(分子量 294.1) 22.0g,单结晶水D-葡萄糖 (分子量 198.2)24.5g,顺次溶于蒸馏水中,定容至1000ml,过滤除菌。分装后-20°C保存。抗凝血要用淋巴细胞分离液分离,得到单核细胞后,再加入trizol等提取RNA,步骤可按试剂盒操作进行。如果不分离单核细胞,血里面的红细胞对提取有影响,把红细胞破坏掉也可以。
采用淋巴细胞分离液分离外周血中的有核细胞,经细胞裂解液处理,上清提取RNA,沉淀提取 DNA,用分离液分离所得红细胞沉淀制备血红蛋白溶液。本法能从少量外周血中同时分离 RNA、DNA 及血红蛋白,高效易操作,值得推广。
怎样能更有效的降低材料的降解?
参考见解:
1、 新鲜细胞:如果试剂没有问题,且外源性污染也可以排除,那么降解几乎都来自裂解液的用量不足。如?果将裂解液直接加入培养皿中裂解细胞,一定要使裂解液能覆盖住细胞。
2、 新鲜组织:某些富含内源核酸酶的样品(如肝脏,胸腺等),即使使用电动匀浆器匀浆也不能避免RNA的降解。更可靠的方法是:在液氮条件下将组织研碎,并且匀浆时使用更多裂解液。
3、 冷冻样品:样品取材后应立即置于液氮中速冻,然后移至-70℃冰箱保存。样品决不能未经液氮速冻而直接保存于-70℃冰箱中。冷冻样品,即使是冷冻细胞,如果不在液氮条件下研磨碎,而直接加入裂解液中匀浆,RNA也比新鲜样品更容易降解。样品在与裂解液充分接触前决不能出现融化,所以研磨用具必须预冷,在碾磨过程中要及时补充液氮。样品研碎后,在液氮刚刚挥发完时,将样品迅速转移到含裂解液的容器中,立即混匀匀浆。
4、 外源RNA酶的污染:试剂,器械及实验环境中的RNA酶进入实验系统。
5、 内源RNA酶的污染:抑制剂失效或者用量不够,实验样品过多;匀浆时温度过高。
OD260/OD280比值偏低?参考见解:
1、 蛋白质污染:确保不要吸入中间层及有机相。减少起始样品量,确保裂解完全、彻底。加入氯仿后首先要充分混匀,并且离心分层的离心力和时间要足够。如果所得RNA的OD260/OD280比值偏低,则用氯仿重新抽提一次,再沉淀,溶解。
2、 苯酚残留:确保不要吸入中间层及有机相。加入氯仿后首先要充分混匀,并且离心分层的离心力和时间要足够。
3、 多糖或多酚的残留:一些特殊的组织和植物中,多糖、多酚含量较多,这些残留也会导致OD260/OD280比值偏低。因此,从这类材料中提取RNA时,需要注意多糖、多酚杂质的去除。
4、 设备限制:测定OD260及OD280数值时,要使OD260读数在0.1-0.5之间。此范围线性最好。用水稀释样品:测OD值时,对照及样品稀释液请使用10mM Tris,pH7.5。用水作为稀释液将导致比值偏低。
RNA提取得率低?参考见解:
1、 该组织或者细胞中RNA含量偏低:不同细胞和组织中RNA的丰度不同,如肝脏,胰腺,心脏等是高丰度组织(总RNA含量2-4μg/mg),脑,胚胎,肾脏,肺,胸腺,卵巢等是中丰度组织(总RNA含量0.05-2μg/mg),膀胱,骨,脂肪等是低丰度组织(总RNA含量<0.05μg/mg)。
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