测序以保证
克隆的序列是正确的。不过幸好载体容易大量扩增，这个优点足以弥补所有缺陷，特别是当载体在实验中确实有效的时候。
毫无疑问，siRNA表达载体的优点在于这是众多方法中唯一可以进行长期研究的方法——带有抗生素标记的载体可以在细胞中持续抑制靶基因的表达，持续数星期甚至更久。即使是对转染带有筛选标记质粒的细胞进行瞬时筛选，也有助于富集带质粒的细胞。这也可以帮助解决一些难转染的细胞由于转染效率低造成的问题。
最近多个厂家开始研究逆转录病毒和其他病毒载体用于siRNA表达，其优势在于可以直接高效率感染细胞进行基因沉默的研究，避免由于质粒转染效率低而带来的种种不便。
最适用于：已知一个有效的siRNA序列，需要维持较长时间的基因沉默，或者需要用抗生素筛选能表达siRNA的细胞。长期研究。
不适用于：筛选siRNA序列（其实主要是指需要多个
克隆和
测序等较为费时、繁琐的工作）
5. siRNA表达框架
siRNA表达框架(siRNA expression cassettes，SECs)是一种由
PCR得到的siRNA表达模版，能够直接导入细胞进行表达而无需事前
克隆到载体中。这个方法最早是由Castanotto和其同事(5)采用，包括一个RNA pol III启动子，一段发夹结构siRNA，一个RNA pol III终止位点。和siRNA表达载体不同的是，SECs不需要载体
克隆、
测序等颇为费时的步骤，可以直接由
PCR得到，不用一天的时间。因此，SECs成为筛选siRNA的最有效工具，甚至可以用来筛选在特定的研究体系中启动子和siRNA的最适搭配！如果在
PCR两端添加酶切位点，那么通过SECs筛选出的最有效的siRNA后，可以直接
克隆到载体中构建siRNA表达载体。构建好的载体可以用于稳定表达siRNA和长效抑制的研究。
这个方法的主要缺点是
PCR产物很难转染到细胞中。如果有适合的新型转染试剂能提高SEC的转染效率的话，那问题就可以解决了。另外，没有
克隆到载体中的
PCR片断并不适于大规模制备。
Silencer Express siRNA Expression Cassette Kits提供人源和鼠源的U6启动子或者人源H1启动子元件可供选择，并已经过c-fos基因抑制的检验。
最适用于：筛选siRNA序列，在
克隆到载体前筛选最佳启动子
不适用于：长期抑制研究。（如果
克隆到载体后就可以了）
小结
运用
RNAi 来诱导基因表达的沉默是一种制备基因功能缺失表型的有效的新方法。
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