| (第三章) 外的每个进化分枝中的代表种群的生物学特性、栖息生境、多相分类方法，以及在人类生活中的意义和应用前景等进行详细的介绍。
第三章、极端微生物和古细菌 许多以前被人们认为是极端(高温、高压、强酸、强碱、低温等)甚至是致死的环境, 现在已发现生活着各种类型的微生物，我们称之为极端微生物(Extemophlies)。过去二十年人们对这些微生物的生态、生理、分类和分子生物学的研究结果，唤起人们重新认识微生物的进化概念。古细菌作为生物进化的一个独立分枝对极端微生物的研究产生了深远影响。本章除对极端微生物和古细菌的一些基本概念加以介绍外，将论述极端微生物的生存机理和一些潜在的应用可能性。
第四章、真菌 介绍真菌的基本特征，对真菌的不同类群的代表种进行分类学特征、生态分布和生态功能进行描述，并结合最新分子系统学研究成果探讨其间的进化关系。
第五章 病毒学 除介绍病毒学的基本知识，病毒的性质、分子结构及形态，病毒的复制周期，病毒的转录和翻译外，还详细介绍DNA和RNA病毒的分子结构及形形色色的复制机理。对于病毒的致病原理，如爱滋病病毒(HIV)、肠道病毒、致癌病毒、腺病毒和肝炎病毒，以及类病毒和近年发现引起疯牛病的朊病毒(prion)也作了介绍。
第六章、微生物生态学 着重介绍现代微生物生态学研究的内容和意义，特别是微生物生态学研究与二十一世纪面临的人口膨胀、资源匮乏、能源短缺和环境污染四大问题的关系，以及微生物生态学在解决上述问题中的作用。还介绍了微生物生态学研究中采用的方法，尤其是分子生态学方法等。
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