NRDB
NRDB(非冗余数据库)是由NCBI创建的。该数据库是由Genpept（来源于GenBank CDS自动翻译数据库）、PDB序列数据库、SWISS-PROT数据库、Spupdate（每周更新的SWISS-PROT数据库）、PIR和GenPeptupdate(每天更新的Genpept)数据库复合而成。因此该数据库是一个较完全的，包含最新信息的数据库。但是，严格地来说，这个数据库中包含有冗余的信息，但不包含相同的信息，即在该数据库中已将那些与某一序列相同的序列信息剔除。由于NRDB是通过简单的比较方法生成的，因此就会带来一些问题：例如，一些相同蛋白质的相关重复信息仍然保留在数据库中，在SWISS-PROT数据库中的一些错误序列仍然被引入NRDB数据库，以及众多序列与已存在的序列片段重复等。所以，尽管NRDB数据库被称作非冗余数据库，但其实是名不副实的。另外，NRDB数据库也被作为NCBI提供的BLAST服务的默认数据库。
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NRDB |
OWL |
MIPSX |
SP TrEMBL |
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PDB |
SWISS-PROT |
PIR1-4 |
SWISS-PROT |
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SWISS-PROT |
PIR |
MIPSOwn |
TrEMBL |
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PIR |
GenBank |
MIPSTrn |
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GenPept |
NRL-3D |
MIPSH |
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SWISS_PROTupdate |
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PIRMOD |
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GenPeptupdate |
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NRL-3D |
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SWISS-PROT |
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EMTrans |
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GBTrans |
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Kabat |
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PseqIP |
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OWL
OWL是一个非冗余的蛋白质序列数据库，现存于Leeds大学，是由Leeds大学和Warrington的Daresbury实验室合作开发的(Bleasby et al., 1994)。OWL数据库是由四个主要的一级序列数据库复合成的：包括SWISS-PROT，PIR1-4，GenBank（CDS 翻译）和NRL-3D。
在合成OWL数据库的过程中，考虑到每个数据库所包含序列信息的情况，赋予它们不同的优先级，SWISS-PROT数据库具有最高的优先权。在对信息的处理上，删除了与某一序列相同序列的信息，也剔除了与某一序列相差单个氨基酸的序列的信息，因此，所得到的OWL数据库是一个紧凑的、高效的序列数据库。尽管如此，OWL数据库仍然有许多与NRDB相同的问题，即在该数据库中仍然有一些错误的序列和对GenBank中不正确序列的重翻译。由于OWL数据库的更新周期是6-8周，因此与其它数据库相比，OWL不是最新的数据库。英国的EMBnet国家节点上提供有针对于OWL的BLAST服务，在SEQNET，UCL上的专家节点也可以找到该地址。
MIPSX
MIPSX是一个由Martinsried的Max-Planck研究所创建的合成数据库(Mewes et al., 1998)。MIPSX包含如下数据库的信息：PIR1-4、MIPS的一级数据库——MIPSOwn、MIPS/PIR一级数据库——PIRMOD、MIPS一级翻译数据库——MIPSTrn、MIPS酵母数据库——MIPSH、NRL-3D、SWISS-PROT、EMTrans——EMBL的自动翻译数据库、GBTrans——翻译的GenBank数据库、Kabat 和 PseqIP。MIPSX数据库按照表3.2中所列的上述数据库的顺序赋予优先级，并将这些数据库中和数据库间的重复序列删除，只保留该序列的一个相关信息。另外，也将那些信息完全包含于其它序列中的序列删除。
SWISS-PROT TrEMBL
EBI将SWISS-PROT和TrEMBL数据库合并，构成一个较全面的并且只有最低限度冗余的数据库(Bairoch 和 Apweiler, 1998)。与上面所提到的数据库相比，该数据库只有较少的错误，但它还称不上是真正的非冗余的数据库（据1997年年中的估计，其中包含了SWISS-PROT 和 TrEMBL中的30%的重复序列）。为了尽可能地减少错误频率和冗余程度，就需要增加人为的干涉和（或者）在将来发展专家数据库管理系统。可以使用EBI网络服务器上的SRS序列搜索系统来查询SWISS-PROT 和 TrEMBL数据库。
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