结构数据库

 

• MMDB浏览器：Cn3D

   

Cn3D是一种新的三维结构浏览器，用于浏览MMDB数据记录。由于MMDB数据记录克服了一些PDB条目数据化学图像模棱两可的缺点，并且所有的键信息是“显性的”，所以Cn3D具有可靠地显示三维数据库结构的能力，而不需要语法分析，校验和PDB文件读入程序的例外情况处理等环节。Cn3D默认的结构图像更具有资料存储与显示处理的能力，因为它不会受数据错误表达的影响。但因为Cn3D依靠MMDB中ASN.1记录的完整化学图像信息，所以它目前尚不能读入PDB文件。

Cn3D提供了一套“控制面板”，可以在三维图像的一侧隐藏或显现。例如，在三维图像顶端显现的Viewer Control面板，具有一套看起来象磁带录制机控制键的图像动画控制键，用于逐个显示NMR获得的多个结构“集合总体“或VAST相似性关系图像中的重叠结构。“GO”键使图像形成动画，当图像以动画形式显示时。用户可以旋转或放缩结构。发行前景被看好的Cn3D 2.0将具有完整的状态存储能力，使结构彩色化描述，以ASN.1结构记录形式存储信息和手工编制PDB文件或手写文本更新成为可能。这些信息可以被不同工作平台的用户共享。

 

• 其它三维浏览器：Mage、CAD和VRML

   

各类文件格式已被用于表示缺少化学细节的数据表达的三维生物高聚物结构数据。普通的浏览器，例如那些用于处理“宏观”数据的工程软件或虚拟现实浏览器，可用于浏览这些文件格式。“Protein Science”杂志出版了这样一个通用文件格式：Kinemage（Richardson和Richardson，1992，1994）。这是第一个被广泛运用的分子结构软件，在因特网和WWW网出现之前，是个人计算机用户的通用软件。象Kinemage和VRML这样的文件格式包括三维图像显示信息，而几乎没有关于基本分子化学图像的信息。并且，在这样的文件中编码各类描述文件是困难的。分子填充模型、金属框架模型和球棒模型等各自需要单独的VRML文件，因为在文件中必须包括每一个图像物体（圆柱体、线、球体）的明确列表。

生物分子三维结构数据库记录目前与例如基于CAD软件的那些“宏观”软件工具是不兼容的，计算机辅助设计软件技术是成熟并且具有鲁棒性的，一般优于可利用的分子结构软件。但CAD软件和文件格式由于缺少某种用于蛋白质结构细节观察的“专门“视角和分析功能，而不能在分子研究领域中完全适用。

 

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