作为几乎所有结构�功能信息的基础，结构是真正有价值的数据，以至于一些结构科学家不情愿将他们的数据移交给公共数据库。过去，一些杂志没有要求立刻将结构提交给Brookhaven Protein Data Bank。由于作者从未扰乱或从未选择不将他们的数据提交给公共数据库，而导致了“不合法”的结构的增加，这种情况往往是由于用于确定结构的准则的某一部分具有多种可能性造成的。随着新的成功的折叠识别技术（如threading）的出现,结构的“holding back”导致发现机会的丧失。新的计算方法依靠完整的三维结构数据库。
告诉一个结构的著者应从出版的著作而不是从这里列出的数据库中获得三维结构是必要的。在获得结构之前，结构科学家应首先找到描述感兴趣坐标的原始文献。下一步，利用Brookhaven Protein Data Bank中的“Pending/Waiting List”进行完全的检索，看看是否结构数据正在被处理或仍在“架上“。如果这些可能性已被排除，给文献的主要著者发封信，直接从中获取坐标信息。通常，著者将提供原始的PDB文件，这种文件能够在其他研究者的PDB软件中浏览之前，尚需要一些编辑（通常是重编号）。如果必须编辑PDB文件，应首先学习其它PDB文件的结构及查阅在线的PDB格式文本。
