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MMDB数据库服务
NCBI的MMDB提供了诸如被检验序列的BLAST检索，结构-序列匹配，文件格式转换，编程界面显示等服务。
正如其它三维结构服务那样，MMDB数据库可利用WWW Entrez及Network Entrez（Schuler等，1996）进行文本查询。MMDB亦称为Entrez Structure组分。MMDB检索域包含PDB、MMDB的ID编码，源自PDB注释记录的自由文本，作者名及其它著书目录检索域。
MMDB的网络界面提供了每个MMDB结构记录的结构摘要网页，如图3.2b示。MMDB结构摘要网页为结构中的每条链提供了FASTA格式的序列，并提供了到MEDLINE、3DB Atlas、Brookhaven PDB网页及站点的链接，结构中每条氨基酸链和核酸链邻近序列的链接和到每条链中各域间VAST结构比较服务的链接。
当研究者希望找到新序列的相似结构，NCBI的BLAST（Altschul等，1990）在BLAST检索数据库“pdb”中提供了MMDB所有验证序列的拷贝。BLAST网页界面，可以FASTA格式将序列粘贴到序列条目“箱”中，并选择相应“pdb”序列数据库，在目前公共结构数据库的所有验证序列中进行检索。
- Entrez Neighboring：已知序列相似性
Entrez中的序列已经完成了BLAST操作。依靠Entrez的“neighboring”操作，可找到与给定蛋白质序列相似的序列结构。
下面说明如何利用Entrez“ Neighboring” 操作以决定与已知序列相似的序列三维结构是否存在。首先找到WWW Entrez的“Search the NCBI protein database”选项，再执行对感兴趣序列进行检索的查询请求。如查询oncomodulin，若在查询中检索记录摘要，可在下拉式菜单上选择“Structure links”项，按Display键可显示出两个MMDB记录：IRRO（Ahmed等，1990）和IOMD。
通过执行蛋白质“neighboring”邻接操作，然后从三维结构邻近的蛋白质族列表中找出链接对象并链接，可完成细微相似性的扩展查询。仍以查询oncomodulin为例，每个蛋白质记录将显示有几百个“邻近”蛋白质。首先选择“邻近”蛋白质列表，再执行在包含所有“邻近”蛋白质的网页顶部的[Display][Structure list]命令，结果将给出很长的包括三维结构数据库中所有其它同源钙指蛋白质（如parvalbumin）在内的查询清单。
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