结构数据库

靠“mmCIF词典”检验数据流需要相当大的mmCIF数据I/O开支。所以mmCIF可能被指定为高级存档类查询格式。用FORTRAN和C编写的将mmCIF表转换成关系表并读入内存的软件函数库是适合于一般晶体学家所用的一些UNIX工作平台的。

 

• MMDB

   

MMDB文件格式依靠ASN.1（Rose， 1990）数据描述语言定义，这类数据描述语言也可用于包括远程通讯和自动化制造在内的其它类型领域。由于美国国家药物图书馆也用ASN.1对序列和目录信息进行数据说明，所以MMDB格式还借用了其它数据说明的特定方式，如用于描述数据记录所引用参考著作书目的部分。ASN.1文件可以人类可读的文本文件或各种二进制文件或可被任何硬件平台解压的二进制文件类型出现。MMDB标准残基词典是一个有关标准生物高聚体残基类型化学图像的信息查询表。MMDB格式说明被保存在NCBI 的MMDB FTP站点上。比较“mmCIF词典”， MMDB ASN.1说明更紧凑，数据条目更少，避免了衍生数据的堆积。

与mmCIF关系表设计对比，MMDB数据记录分层记录结构组织。在性能方面，ASN.1格式的MMDB文件比mmCIF或PDB记录具有更快的输入、输出流速度。所构建的层次与mmCIF或PDB文件关系设计方案比较，在加载时需要更少的检验步骤。因此ASN.1文件对于三维数据库浏览是较理想的。

对MMDB而言，一个完整的应用编程界面是有用的，可做为包含各类C代码库与应用程序的NCBI工具箱的一部分。NCBI工具箱支持x86和基于Alpha的Windows平台，Macintoch 68K和PowerPC处理器，以及各种类型的UNIX平台。三维结构数据库浏览器，Cn3D，便是NCBI工具箱中的一个基于MMDB-API的附原代码的应用程序。