生物数据库的信息检索

硬连接的概念比相近性的概念更容易接受。硬连接用于联系不同的数据库中的记录，只要这些记录之间存在逻辑联系，就存在硬连接。举例来说，如果一条MEDLINE记录是关于??装配型质粒的，那么在这条记录和对应的核酸记录之间就建立一条硬连接。如果这个装配型质粒??上的一个开放阅读框架编码某种已知的蛋白质，那么在核酸记录和蛋白质记录之间就建立一条硬连接。如果这种蛋白质恰好已经有实验测出了它的结构，那么在这条蛋白质记录和结构记录之间也会建立一条硬连接。

相近性和硬连接的关系可以用图5.2来解释。每个分支数据库（MEDLINE，蛋白质，核酸，结构及基因）用一个五角形表示。从每个五角形引出又回到自身的曲线表示相近性关系，根据相近性关系可以在同一数据库内寻找相关的记录。图的中心从五角形到五角形的直线连接代表硬连接关系。根据硬连接关系可以在几个数据库之间寻找相关记录。使用者通过合理的使用这两种类型的关系可以只进行一次查询就可以获取多得不可思议的信息，比对单个的数据库分别进行查询所花的时间少得多。

＃＃ 图5.2 Entrez集成信息查询相同中的关系的示意图。每个五角形表示一个数据库；每个五角形上指向自身的曲线代表相近性关系，图的中心的直线表示硬连接。

如图5.2所指出的，基本上可以从任何地方开始使用Entrz系统搜索－使用者不必考虑从何处进入信息的空间。然而，选取不同的数据库作为搜索的起点就会有不同的域可以用于搜索。这显然是由于不同类型的数据库中的记录必须有不同的组织方式，以反映了它们所编目的实体的生物学特点。表5.1列出了每个Entrez系统中的数据库可以用于搜索的域。

不考虑平台的差异，Entrez的搜索可以用两种界面进行。第一种称为Network Entrez，是用客户－服务器方式实现的。这是Entrez程序中最快的，它直接连接到一个NCBI的"发送者"。其图形用户界面的特点是一套窗口。由于客户软件存于用户的计算机上，需要用户去获取，安装和维护软件，软件加入了新的特征时可以下载更新的部分。安装的过程相当简单。