文件中的一个PAUP格式（begin trees; <ret>utree= { tree name } <space> { tree description };<ret>end;）的进化树块中。但是，PAUP数据文件必须被激活，并且在PHYLIP树中必须包含确切的分类群。PAUP会输入拓扑结构，以及优化的PHYLIP�或者CLUSTAL�衍生的树枝长度（命令为：gett[ trees ] /file- { treefile } st [ oredbrlens ]）。
建立进化树
目前PAUP中的进化树建立功能包括MP方法，如果是针对核苷酸序列，还有距离方法以及ML方法，使用的是fastDNAml算法（Olsen et al., 1994）。而且，PAUP执行Lake’s不变式方法（Swofford et al., 1996a; Li, 1997）。每一种建树程序都允许使用多种的选项。MP选项包括任意特征符权重方案的说明规范。距离选项包括对NJ, ME, FM（见PAUP发行附注 re: PHYLIP）和UPGMA程序的选择。全范围的选项和他们的当前树枝可以通过菜单或者命令行进行查询（节约方法键入：pse [ ttings ] ?；距离方法键入：dse [ ttings ] ?；似然方法键入：lse [ ttings ] ?；）。距离方法和ML方法都有关于取代模型的详细的说明规范（取代数值，gamma, 以及不变位点的参数，假定相等，或者指定数值，或者经验的碱基频率）。任何进化树的这些参数都可以得到评估，只要设置参数数值为“est [ imate ]”, 并且用内存中一个期望使用的进化树执行“des [ cribe tree ]”命令（图9.7）。
根据同PAUP 4.0测试版本一起发行的附注所说的，“PAUP*所找到的进化树的似然值通常都会同PHYLIP的一样高甚至更高[ 也就是说，更加好 ]”（这不仅是因为PAUP对进化树进行重新排布时更加广泛，而且也是因为因为它对树枝长度的迭代的收敛标准更加严格）。
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