PAML。
FastDNAml
FastDNAml（Olsen et al., 1994）是一个独立的最大似然建树程序。虽然它还没有成为当前版本的PHYLIP软件包中的一员，但是它的输入输出约定同PHYLIP在很大程度上都是相同的，而且FastDNAml和PHYLIP’s DNAML的结果非常相似，甚至完全一样。FastDNAml可以在并行处理机上运行，而且它还自带了大量有用的脚本（尤其是关于自引导以及打乱序列输入顺序的脚本）。要想充分利用这个程序，就必须有一定的Unix知识。REP Web站点公布了Unix和VAX/VMS平台的程序源码，而通过FTP可以获得Power Macintosh版本的程序源码（见本章结尾的列表）。
MACCLADE
MACCLADE（Maddison and Maddison, 1992）是一个交互式的Macintosh程序，能够对进化树和数据进行操作，能够研究特征符的系统发育行为。程序使用的是NEXUS格式，它也能够读取 PAUP格式的数据和进化树文件。PAUP文件中的一些信息会被MACCLADE忽略（比如，gapmode，空位模式），但是PAUP“假定”块中的信息将会被 输入，其中包括特征符权重和特征符集以及分类群集。PAUP和MACCLADE文件仍然存在着一些细微的差别；因此，用MACCLADE编辑PAUP文件或者用PAUP编辑MACCLADE文件时，需要将文件保存为一个新文件，从而保留原文件，使之不被改动。MACCLADE还可以读取PHYLIP文件、NBRF-PIR文件以及文本文件（见上）。可以使用任何方法产生进化树，但是MACCLADE的功能是严格地基于节约方法的。举个例子，程序允许使用者追踪任意进化树上的每一个单独特征符的进化轨迹。不管怎么说，MP和ML重新构建的功能是不同的，而且
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