格式的进化树文件。对于多重比对程序而言，这个进化树的拓扑结构将决定序列输入的顺序（最外面的集合最先比对），而树枝长度将决定序列的权重。这个进化树（见Hershkovitz and Lewis, 1996）中有几个分组，同已知证据不能吻合（比如，针叶树和红藻的多元性；厥类植物和苔藓的单一性），这些不正确因素都将误导多重比对。这个进化树是由PAUP的苹果机版本的画树程序制作和打印，之后经过了苹果机的图形程序加工而成的。PAUP的进化树阅览和制作的常规协议如下：（1）、执行一个PAUP文件，其分类名称同进化树名称相同；（2）、用GETTREES命令引入进化树文件，指定选项以保留进化树文件中的树枝长度；（3）、用PRINT TREES命令画出进化树，再次指定输入的树枝长度的用途；（4）、用弹出的打印进化树菜单（Print Trees）中的预览选项（Preview option）将进化树存储为PICT文件。注意，对于PAUP画树工具的使用，所执行的数据文件（序列和比对）的内容并不重要，只需要分类名相同就可以。在数据文件中可能会有额外的分类，只要用DELETE TAXA命令将其忽略即可。
图9.2、
结构RNA序列比对的系统发育证据。（A）、假定的八个序列的比对，这个比对是根据二级结构相同的碱基对准得到的，中间有一段变长（由Z字形标记）的环形（loop）区域。（B）、假定的二级结构配对关系的说明。（C， D）、A�T序列和G�C序列可供选择的系统发育关系。（C）中的比对同系统发生相一致，但是与之无关，因为A�T和G�C的取代只发生了一次。因此，必须有生物化学或者统计学证据为比对提供支持。在（D）中，A�T和G�C
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