（6 + 22 + 13 + 6）个位点是G和C，其对应的菠菜序列的位点是A和T。因为这两个序列的绝大多数位点都相同，并且因为变异受到限制，所以对这两个序列（全序列）进行简单的碱基频率的比较时，这个偏向并不明显。注意，很明显，转换的数目（13 + 36 + 25 + 22 = 96）同颠换的数目（6 + 4 + 10 + 6 + 8 + 12 + 5 + 6 = 57）相比，极为巨大；而C�T转换占到58/153（153是总数）。这些数据可以通过PAUP或者MEGA程序得到。
图9.7
用PAUP对一个核苷酸取代模型进行估值的策略。这里显示的是PAUP的输出结果，有些输出为了简单起见，被略去了。输入的命令由粗体特征符表示，并且被写在括号里。这个程序的命令行版本需要在命令行中输入命令，但是同样的命令还可以通过菜单界面给出。PAUP程序执行后，并且执行了数据文件以后 [ paup>exe 18s.paup ]，程序将会以较快的速度建立一个进化树��在这种情况下，MP搜索（PAUP中默认的最优化标准）将会使用程序的默认设置。在输出结果中显示了全部的搜索设置（这里被截短了）。在这个情况下，一共找到了36个同等节约的进化树。最优化标准变为似然方法 [ paup> set cri=1 ]，设置也改变了，开始使用六个取代类型，并且对位点内部的速率差异进行gamma和不变式的混合修正；对于取代速率方阵，gamma形状参数和不变位点的比例将通过数据和进化树进行估值 [ paup> lse nst=6 rma=est ra=ga sha=est pi=est ]。命令 lse ? 显示了当前的似然方法的设置（这里被截短了）。命令 set tcom 将会压缩输出的进化树，以节约空间。我们通过描述存储的进化树对似然方法的参数值进行估值，在这里使用的是16号进化树（同样的拓扑结构出现在 Hershkovitz and Lewis, 1996）。一个选项把进化树的输出指向一个种族，这将显示树枝长度 [ paup>desc 16 /pl=ph ]。当然，也可以选择把进化树的输出屏蔽掉 [ paup>desc 16 /pl=no ]。输出结果还将显示似然方法的参数值、进化树的分值和其它一些信息，在这里这些信息没有被显示出来。R方阵是图9.5中所示的一般形式的方阵的一个实例；它包括了似然方法的设置中要用到的相对的速率参数。可以输入命令，把似然方法的设置改变回较早时的数值（把这些数值设置为对刚才描述的进化树有效的数值
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