NCBI站点地图---Human Genome人类基因组数据介绍

向导

• 人类基因组资源向导 — 可用的人类基因组数据资源概览。包括关于人类基因组的公告和进展报告和提供对以前分离的数据的集中访问。

• 人类基因组序列数据的状态 — 描述了目前在GenBank中的数据的范围，包括完成的和草图高通量基因组序列数据的讨论。

染色体  

• 人类基因组测序 — 每一条染色体，概述了人类基因组计划的测序进展（图示和统计）。提供对基因组序列数据的访问，也有链接到参与的国际基因组中心，各种STS图谱，疾病基因信息，和选择出的参考文献。列出完成的contig的大小和位置。Contig可以被显示出来，以表示组成他们的GenBank中的记录的成分，或者那些由e-PCR确定的位于其上的STS标记。Contig用在GenBank中处于第三期的HTG序列记录来组装起来，组装的办法是用Jang, et al描述的过程，并给于一个NT_*的accession number，作为RefSeq计划的一部分。关于各期HTG序列的详细说明见HTG网页。  

• Entrez图谱浏览器 — 整合的染色体图谱—图谱浏览器是Entrez基因组的一个软件组成部分，用来显示一个或多个用共同标记或基因名字互相align过的图谱，以及用相同序列进行比较过的序列图谱。在人类基因组数据和搜索技巧文件中有关于20种序列，细胞遗传，遗传连锁，放射杂交，和其它的图谱。Entrez图谱浏览器的帮助文件提供了关于如何使用这个工具的一般说明。  

• FTP — 每个染色体都有一个文件目录包含各种格式的完成的基因组contig（NT_*记录）：

• hs_chr*.asn ASN.1 格式 (description above)

• hs_chr*.fna.gz FASTA 格式(description above)

• hs_chr*.gbk.gz GenBank flat file 格式

• （目前注解包括STS标记，已知和预期的基因将被在将来几个月中加入）

• hs_chr*.gbs GenBank summary 格式

• （这个格式不含有序列数据，但是包含一个“CONTIG”字段，表明这个contig是如何有独立的GenBank记录组装起来的。）

BLAST人类基因组序列数据

• BLAST人类染色体 — 将一个核酸或蛋白序列同已经完成的HTG contig比较。Contig用在GenBank中处于第三期的HTG序列记录来组装起来，组装的办法是用Jang, et al描述的过程，并给于一个NT_*的accession number，作为RefSeq计划的一部分。关于各期HTG序列的详细说明见HTG网页。同人类染色体作BLAST是人类基因组测序页面的一个组成部分。  

• BLAST htgs数据库 — 将一个核酸或蛋白序列同未完成的HTG序列（第0，1，2期）进行比较（关于各期HTG序列的详细说明见HTG网页）。尽管htgs数据库包含有来自许多物种的序列，你可以使用Advanced BLAST页面来限定你的搜索只在人类。  

• BLAST gss数据库 — 将一个核酸或蛋白序列同随机的“单次（测序）阅读”的基因组调查序列比较，如同cosmid/BAC/YAC末端序列，exon trap获得的基因组序列，和Alu PCR序列。尽管gss数据库包含有来自许多物种的序列，你可以使用Advanced BLAST页面来限定你的搜索只在人类。

基因

• 位点链接（LocusLink） — 为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。LocusLink给每个位点发布一个稳定的ID，并提供官方的命名，同名，序列accesssion number，表型，EC号码，OMIM号码，Unigene簇，图谱信息，和相关的网址。LocusLink是NCBI，人类基因命名委员会，OMIM和其它组织的合作结果。LocusLink目前包含人类，小鼠，大鼠，斑马鱼，和果蝇的位点，物种可以被分开或合在一起查询。  

• OMIM — 在线人类孟德尔遗传—经常更新的人类基因和遗传失调的目录，有链接到其它相关的文献参考，序列记录，和相关数据库。

• RefSeq — NCBI数据库的参考序列。校正的，非冗余集合，包括基因组DNA contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。
  

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