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GenBank数据库简介

点击： 作者： 来源： 时间： 2007-10-21 　本站论坛

Genomes and Maps Overview：
1、 Entrez基因组：人，小鼠，大鼠，酵母，线虫，疟原虫，细菌，病毒，viroids，质粒，和真核细胞器。
2、 Entrez基因组（各种物种）
3、 Entrez基因组 — 超过800种在GenBank中被完整测序的物种，包括大于500种病毒，〉25种细菌，酵母，和许多viroids，质粒，和细胞器。还包括正在进行中的基因组，比如人，小鼠，线虫，疟原虫，果蝇，利什曼原虫，水稻，和玉米。提供完成的基因组/染色体的图形概览，并可以探究那些逐步细化的区域。也提供那些已经被NCBI工作人员分析过的物种的编码区的摘要和TaxTables。另外，Entrez Map Viewer，Entrez基因组的一个软件组成部分，提供整合的果蝇（细胞遗传学和序列图谱）和人类（细胞遗传学，遗传连锁，序列，放射杂交，和其它图谱）的染色体图谱的浏览。
4、通过每个物种的Entrez基因组页面来下载〈350kb的基因组。
5、通过NCBI ftp站点来下载〉350kb的基因组—参见在genbank/genomes目录下的readme文件，ftp链接在每个物种的Entrez基因组页面上也有。

NCBI站点地图---其他基因组数据介绍：
1、小鼠基因组
1) 小鼠基因组资源向导：把从各个中心来的各种小鼠相关的资源整合在一起，包括序列，图谱，和克隆信息以及指向小鼠种系和突变资源的指针。
2) 小鼠基因组测序：小鼠基因组计划的测序进展，HTG序列contigs（可以用大小和染色体号来浏览）由测序中心的数据建立，可以contig或染色体的形式来下载。
3) 小鼠UniGene ：被整理成簇的EST和全长mRNA序列，每一个代表一种特定已知的或假设的基因，有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以cluster形式在Unigene网页下载，完整的数据可以从FTP站点repository/UniGene目录下下载
4) 位点链接（LocusLink）：为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。LocusLink给每个位点发布一个稳定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，图谱信息，和相关的网址。LocusLink是NCBI，人类基因命名委员会，OMIM和其它组织的合作结果。LocusLink目前包含人类，小鼠，大鼠，斑马鱼，和果蝇的位点，物种可以被分开或合在一起查询。
5) Entrez ：包括了来自〉70000个物种的序列数据，可以用物种字段来限制记录只在小鼠搜索。
6) 人类/小鼠同源图：University of California at Davis的M. F. Seldin建立，一张比较人和老鼠在同源区段DNA上基因的表，按在每个基因组上的位置排列。
2、大鼠基因组
1) 大鼠UniGene ：被整理成簇的EST和全长mRNA序列，每一个代表一种特定已知的或假设的基因，有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以cluster形式在Unigene网页下载，完整的数据可以从FTP站点repository/UniGene目录下下载
2) 位点链接（LocusLink）：为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。LocusLink给每个位点发布一个稳定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，图谱信息，和相关的网址。LocusLink是NCBI，人类基因命名委员会，OMIM和其它组织的合作结果。LocusLink目前包含人类，小鼠，大鼠，斑马鱼，和果蝇的位点，物种可以被分开或合在一起查询。
3、斑马鱼基因组
1) 斑马鱼UniGene ：被整理成簇的EST和全长mRNA序列，每一个代表一种特定已知的或假设的基因，有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以cluster形式在Unigene网页下载，完整的数据可以从FTP站点repository/UniGene目录下下载
2) 位点链接（LocusLink）：为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。LocusLink给每个位点发布一个稳定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，图谱信息，和相关的网址。LocusLink是NCBI，人类基因命名委员会，OMIM和其它组织的合作结果。LocusLink目前包含人类，小鼠，大鼠，斑马鱼，和果蝇的位点，物种可以被分开或合在一起查询。
4、果蝇基因组
1) 黑腹果蝇主页：提供所有可使用的果蝇资源的概要，用图形的方式显示了染色体，允许你通过Entrez基因组浏览器的方法来搜索整个基因组的细胞遗传和序列信息。Entrez基因组提供了对于一个物种一致的遗传，物理，和序列数据的图形界面。当你用一个基因的代号来搜索时，它给出搜索结果的一个图形的基因组视图，从那你可以放大到你所感兴趣的区域的更详细的图谱视图，并且链接到序列数据和包含更多信息的相关资源。
2) 黑腹果蝇基因组测序的状态：描述了目前在GenBank，Entrez Genomes，和FTP站点中的数据的范围
3) Entrez图谱浏览器：整合的染色体图谱—图谱浏览器是Entrez基因组的一个软件组成部分，用来显示一个或多个用共同标记或基因名字互相align过的图谱，以及用相同序列进行比较过的序列图谱。在人类基因组数据和搜索技巧文件中有关于目前可以使用的果蝇的序列和细胞遗传学图谱。Entrez图谱浏览器的帮助文件提供了关于如何使用这个工具的一般说明。
4) 位点链接（LocusLink）：为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。LocusLink给每个位点发布一个稳定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，图谱信息，和相关的网址。LocusLink是NCBI，人类基因命名委员会，OMIM和其它组织的合作结果。LocusLink目前包含人类，小鼠，大鼠，斑马鱼，和果蝇的位点，物种可以被分开或合在一起查询。
5、线虫基因组
Entrez基因组：染色体的图形表示，可以整个的查看，也可以逐步放大的看。链接到相关的序列数据。
6、酵母基因组
1) Entrez基因组：染色体的图形表示，可以整个的查看，也可以逐步放大的看。链接到相关的序列数据。
2) COGs ：相邻类的聚簇 — 来自于完整基因组的基因家族自然系统。COGs用比较21种完整的基因组的编码的蛋白序列描绘了17个主要的种系发生系统。每个COG包含至少来自3个世系的独立蛋白或蛋白家族的相邻体，所以对应了一个古老的保守domain。
7、疟原虫基因组
1) 疟原虫遗传学和基因组：提供与疟原虫遗传学和基因相关的数据和信息。资源包括物种特异的序列BLAST数据库（恶性疟原虫，所有疟原虫，以及弓形虫），基因组图谱，连锁标记，以及遗传学研究信息。链接到其他的疟原虫网站和相关的寄生虫遗传学数据库包括弓形虫。

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