其中Mw是蛋白质分子量；K和K1为常数
b为斜率，m 是电泳迁移率，实际使用的是相对迁移率mR。
如果用几种标准蛋白质分子量的对数作纵坐标，用各自的相对迁移率作横坐标，即可画出一条斜率为负的标准曲线。相对迁移率为：
其中，dpr、dBPB分别为样品和BPB（溴酚兰）以分离胶表面为起点迁移的距离。
欲求未知蛋白的分子量，只需求出它的相对迁移率：
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