盘状电泳所需要的样品是很少的。一个标准凝胶管按体积需要5—100微升的样品（约0.1—2毫米高）；按含量需要5—100微克。实际上就是用1毫克/毫升浓度的样品5—100微升。由于样品组分的不同，用量可有一定的幅度。对于只含有少数组分的样品，可用到10—20微克；对于含有多种组分的样品，可用到200微克。即每一凝胶柱的样品容纳量不仅指所加的样品总量，更重要的是指样品混合物中各组分的量。所加样品液量的精确性将影响重复性，误差要不大于±5%。
近来，样品胶一般已改用样品液中加入5—20%蔗糖或10%甘油代替，因为这样品胶的作用主要是抗对流，蔗糖液和甘油能起同样的效果。
如果样品离子强度太高，会引起分离界面模糊不清，严重时完全不能进行电泳。因离子强度太高时降低了蛋白质的电动电位，同时电导过高，在样品部分几乎没有电位梯度，以至样品的泳动速度近于零，不能泳动。硫酸铵盐析的样品或柱层析高盐浓度的洗脱部分，必须透析除盐，务必使电导低于分离胶的电导，以便形成足够的电位梯度，使区带在分离之前进行浓缩变窄。
如果样品过稀，加样体积太大时，相应地加厚浓缩胶层。玻璃管也要加长。一般采用稀样品液与浓缩胶之比为1∶1.2。
一个生物样品（粗抽提物），常需要事先经过处理（高速离心、微孔滤膜过滤、柱分离等），去除沉淀，消除混浊。或只取可溶性部分进行电泳。不然常有许多物质留在凝胶与缓冲液的界面上，会阻塞凝胶，干扰分离。当样品装载量与样品溶解度不相应时，也会在浓缩胶面上或浓缩胶与分离胶界面上产生沉淀，并造成拖尾现象（随着电泳过程，沉淀逐渐溶解、逐渐进入）。
指示染料是做为电泳时迁移的可见标志。对于碱性缓冲系统，一般用溴酚蓝或酚红（通常每管加0.005毫升0.1%的染料溶液）。对于酸性缓冲液系统，一般用甲基绿或次甲基蓝。指示染料可直接加在玻璃中或上电极槽的缓冲液中，也可与样品液混合。
本实验样品液准备：取血清、F液、0.01%溴酚蓝指示剂各0.1ml，放入一干净的小试管中混匀，待用。此为样品液。
4．安装凝胶管
加样前可先把凝胶管从制胶架上拔出，用少量硼酸缓冲液轻轻冲洗凝胶管底部凝胶，洗去底部F液，再充满缓冲液（不得有气泡），然后把凝胶管逐一安装在电泳槽上槽的圆孔中（要防止漏水，否则上槽缓冲液会漏入下槽，这是不允许的。）并使凝胶管下端插入下槽的硼酸缓冲液中。
5．加样品液
将上槽充以缓冲液，缓冲液面应高于玻管上口0.5cm以上。用微量注射器吸取前述准备好样品液15ml，缓缓加入各管凝胶表面，平铺一薄层。
6．电泳
检查装置无误后，连接直流稳压电源，负极在上，正极在下，打开电源开关，调节电流，开始时用1—2毫安/管，电泳1—2分钟，再逐渐升高电流到约3—5毫安/管，不要一开始就电流很高。电流最好不要超过3—5毫安/管，一般情况下，维护4毫安/管。太高的电流强度会造成产热量大。如果高温对样品不利，可降低电流，延长时间，或进行有效的冷却，缓冲液预冷至4℃，并在冷室进行电泳，或将凝胶管装有分离胶的一段完全浸没在下槽缓冲液中，利于散热。
电泳开始后，样品液应在5—10分钟内进入凝胶。指示染料进入缓慢，也是盐浓度（离子强度）太高的有力指示。
电泳过程中，一般要求电流保持稳定，这时可见电压升高。电泳时间与所用缓冲液和样品有关，一般可根据指示染料的迁移来决定，如指示染料已迁移到凝胶柱的下口附近，或已迁移管长的3/4距离时，就可停止电泳，关闭电源，倒出缓冲液后取出玻璃管。
缓冲液可再行使用，但应注意上下槽缓冲液不能混合或互换，因下槽中混入了催化剂及氯离子。如将下槽的缓冲液用于上槽，则影响电泳。
7．取出凝胶
用一长针头的注射器（针头长约10厘米），吸满水，将针头插入凝胶与管壁之间，慢慢旋转玻璃管，推针前进，同时注入水，靠水流压力和润滑作用将玻璃管内壁与凝胶分开，凝胶即可流出。一次不行，可由另一端同样操作即可。如凝胶浓度较高，取出困难，可用10%甘油水溶液代替水注入。一般剥胶方向是从浓缩胶端开始。剥胶时注意不要损伤凝胶柱表面。
8．固定
为防止凝胶柱内已分离成分的扩散，需要进行固定。只要把剥出的凝胶条浸泡在7%乙酸或12.5%三氯乙酸的水溶液中几分钟即可；或浸泡在用7%乙酸或12.5%三氯乙酸配制的染色液中，同时进行固定和染色。本实中的固定与染色同时进行。
9．染色：蛋白质的染色方法表15-3。
表15-3 蛋白质的染色法
