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虽然PCR经过长时间的探索，PCR－ELISA逐渐成熟，并有了不同的改进版本，但总的还是没有脱离固相分离、酶标抗体的经典范畴。
PCR－ELISA的步骤：
1.核酸提取和制备
2.进行PCR扩增
3.微孔预杂交
4.产物杂交
5.显色
6.检测分析
PCR－ELISA的优点：
PCR－ELISA相对于凝胶光密度定量，无论是灵敏度、特异性、准确度上都是很大的提高，能满足临床要求。它为PCR提供了第一个严格意义上的定量方法。并且对仪器要求较低。只要有扩增仪和酶标仪就可以进行。
PCR－ELISA的不足及消减措施：
1.污染问题严重。PCR－ELISA在扩增之后又要进行ELISA反应，而ELISA是一个开放性的反应，特别是洗板，很容易产生污染引起假阳性。为减小污染，一定要严格分区隔离，以避免污染。同时，使用dUTP与UNG酶也可以在一定程度上减小污染的影响。由于PCR产物都是高浓度的。一般情况下，产物都被扩增至2的20方以上，即使避免了扩增前的污染，但同批样本产物之间的交叉污染可能远远大于ELISA，不能忽视。
2.显色定量分析相对于最近的探针荧光分析，无论是灵敏度还是特异性上都有差距。
3.操作繁琐，这也是严重制约临床应用的重要因素。
注意：PCR－ELISA一定要严格分区，及时进行空间和仪器消毒，严防污染。