即根据反应类型对酶进行分类。也可以按照它的化学特性和生理上的意义或存在状态等来分类，但主要还是根据其催化反应的类型进行分类。根据反应类型进行分类虽也出现过混乱情况，但自1957
年以来，国际化学联合会及生物化学联合会下设置了酶委员会，对此进行了整理。按照1964
年提案，根据反应类型把酶分成6
大类，进而再将各大类细分为亚类、次亚类。大类有：（1
）氧化还原酶（oxido-reduc t-ase
）。（2
）转移酶（transferase
）。（3
）水解酶（hydrolase
）。（4
）裂合酶（lyase
）：催化特定基团的脱离和朝向双键结合。（5
）异构酶（Isome-rase
）。（6
）合成酶（ligase
）：在催化ATP
等核苷三磷酸高能键水解的同时，催化新的分子内键的生成。亚类、亚亚类的分类是根据详细的反应形式和底物种类进行的。以上分类只限于单一酶，复合酶未包括在内。
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