明天就是5.1，可是手里还是一大堆的活，实验也是诡异的要命，时光真是快啊。前面对两个基本软件介绍了一下，本来想讲讲charmm和macromodel，后来想想，没有什么意思，还是讲一下分析方法对大家更适用，如果大家真的想听这两个软件，后面我再补充。动力学分析方法多种多样，但是能量永远是不变的话题，很多问题的说明都是以能量为基础的，这里说的能量包括各种力场能量，溶剂化能，自由能等。我主要对自由能讲解一些如何进行计算。在amber中，可以通过mmpbsa来计算这个相对自由能，在免费的软件gromacs中，能量的计算（不知道有心的朋友是否自己加和过他提供的能量项，是不是缺点儿什么啊^v^）相当的粗糙，虽然提供了计算自由能的工具，但是源码中却是空，不知道到哪个版本才能实现。amber是比较好用，但是也是一个收费软件，特别是想发文章的朋友要注意了。如果是不想买amber的朋友，一个中间路线就是用gromacs跑轨迹，用autodock算能量（自由能），虽然不如mmpbsa原理上准确，但是忽略部分熵效应也在变动不大的体系也还不错。下面这个脚本是我自己写的，可以实现这一功能，希望能对大家有个帮助： #!/bin/sh #'$1' is set for different list name #'$2' is set for the ligand name #prepare the $2.bnd in advance with command: #/~root/autodock/dist305/bin/pdbtoatm lig.pdbq| ~root/autodock/dist305/bin/atmtobnd >lig.bnd for snapshot in `cat $1` do rec=protein_mn_hoh1.${snapshot} lig=$2.${snapshot} echo ${rec} #assign the atomic solvation parameters to PDBQ-formatted version of your macromolecule, ~root/bin/addsol ${rec}.pdbq ${rec}.pdbqs ~root//bin/autotors -A $2.bnd ${lig}.pdbq ${lig}.out.pdbq > ${lig}.out.${rec}.epdb.com ~root/autodock/dist305/bin/autodock3 -p ${lig}.out.${rec}.dpf -l ${lig}.out.${rec}.epdb.log -c > $1_Binding ~root//bin/Docked.awk ${lig}.out.${rec}.epdb.log >> $1_Docked ~root//bin/Inter_score.awk ${lig}.out.${rec}.epdb.log >> $1_Inter_Energy ~root//bin/Intra_score.awk ${lig}.out.${rec}.epdb.log >> $1_Intra_Energy #rm -f *.map *.fld *.xyz *.err *.pdbqs *.glg *.log *.com *.gpf *.dpf Binding.awk #!~root/bin/gawk -f BEGIN{ name=ARGV[1] split(name,array,".") } { if($0 ~ /Estimated Free Energy of Binding/) {print array[1]" "$9" " $10} } Docked.awk #!~root/bin/gawk -f BEGIN{ name=ARGV[1] split(name,array,".") } { if($0 ~ /Final Docked Energy/) {print array[1]" "$7" " $8} }
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