全新药物设计 概念:根据靶标分子结合位点的几何性质和化学性质,设计出与其相匹配的具有全新结构的化学结构,叫做全新药物设计。 一般步骤: 1。确定靶点的活性位点。 2。根据活性位点的结构,位置,设计出合适的配体分子。 3。对设计的配体分子进行活性评估。 4。活
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我总结的关于全新药物设计的一些知识,与大家分享

点击:   作者:   来源:  时间: 2007-11-17  本站论坛
全新药物设计

概念:根据靶标分子结合位点的几何性质和化学性质,设计出与其相匹配的具有全新结构的化学结构,叫做全新药物设计。

一般步骤:
1。确定靶点的活性位点。
2。根据活性位点的结构,位置,设计出合适的配体分子。
3。对设计的配体分子进行活性评估。
4。活性分子的合成和活性测试。

全新药物设计一些重要的方法:
一。活性位点分析法(ASA):主要用来猜测与生物大分子有较好结合的原子或者基团,评价的方法有基于能量的计算方法和经验计算法。采用ASA的计算软件主要有GRID,MCSS,HINT等。
 优点:能够获得不同碎片与受体结合的最佳位置,并且通过能量评价可以发现不同碎片与受体的结合取向,为以后的分子对接打下基础。同时大大扩大了分子的设计范围。
 缺点:不能设计出完整的分子,必须与其他方法联用。

二。分子连接法
 又分为4种方法:
 1。位点连接法:根据位点的特征和位置在活性口袋放入合适的小分子碎片,在片断上进行合适的生长和连接以得到完整的配体分子。
 2。碎片连接法:将与受体活性位点有较好作用的基团用连接基团连接。
3。逐步生长法:以一个片断作为起点,逐步生长得到一个完整的配体分子的方法。
4。随机连接法:原理类似于上一个方法。

全新药物设计面临的问题:
1。设计片断和蛋白质的柔性问题。
2。缺乏完善。有效的评价方法来评估配体。
3。设计过程只考虑受体与配体的作用,无法考虑药物复杂的作用机制。
4。可能设计的基团在化学和生物上存在不稳定现象,或者难于合成

结语:以上是我根据自己的学习体会和我的笔记整理所写,也是对我对于全新药物设计文献阅读的一个总结。在这里把我阅读的文献也发上来,希望我的这点文字能够对对这个方面感爱好的版友们提供一点帮助。
文献:1。Computational approaches to structure-based ligand design
2。Computer-AssistedDrugDesign
3。全新药物设计方法的新进展
文献发到了我的油箱,zai20060616@163.com,密码223344,谢谢!

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