（一）组织洗涤
经过固定的组织一般都要洗涤（washing），其目的是清除组织内外残留的固定剂，以免影响脱水等后续过程；防止有些固定剂在组织中发生沉淀或结晶而影响观察。洗涤时最好是从容器的底部入水，再从容器上面缓慢流出，这样2h即可，若为陈旧标本则需24h。
（二）组织脱水
1概念
为保证石蜡有可能进入组织内部，采用适当方法，将已固定和水洗过的组织中的水分彻底驱除的过程称为脱水（dehydration）。脱水剂必须是与水在任何比例均能混合的液体。最常用的脱水剂为乙醇，其它尚有正丁醇和二氧已环以及丙酮等。
2浓度与时间
脱 水用的乙醇浓度一般从70％~75％开始，然后依次80％→95％→100％，即由低浓度逐步到高浓度。脱水的时间与组织大小、厚薄有很大关系、组织厚 大，脱水时间要长些；而小薄的组织脱水时间相对的可以短些。组织脱水时间在低浓度乙醇中可以长些（如70％~80％），而在高浓度乙醇中要短些，这是因为 高浓度的乙醇渗透力不强，延长脱水时间无益，相反高浓度乙易使组织收缩、变脆，致使以后切片和观察困难。
（三）组织透明
采用既能与脱水剂 （如乙醇）混合，并使之被提去（dealcoholisation），又能作为石蜡溶媒的诱导剂，使石蜡真正渗入组织中的过程称为媒介 （intermediary）。由于常用的透明剂（如二甲苯）作用之后，其折射指数与组织蛋白折射指数接近，组织显示出半透明状态，因此，通常又称此过程 为透明（clearing）。但并非所有媒介过程均使组织透明。
常用的透明剂为二甲苯，它易使组织收缩、变脆，故透明时间不宜长，一般1..5~2h，二节（即换2次，下同），最好是肉眼观察，见组织呈棕黄*色或暗红色透明状（象琥珀样）即可。
（四）组织浸蜡
组织经媒介（透明）处理后，置入熔化的石蜡内浸渍，使石蜡分子浸透入组织中的过程称浸蜡或石蜡渗透（infiltrating）。渗透的过程也可用火棉胶代替石蜡，称为浸胶。但其透明过程应作相应更动。
浸蜡一般分2~3节，总共4~24h，浸蜡时间过短，蜡没有完全渗入组织中，组织过软，切片困难；浸蜡时间过长，造成组织硬脆，切片也困难。
（五）组织包埋
把浸蜡的组织包在蜡里成块，使之有一定的硬度和韧度，便于在切片机上夹持切片，称之为包埋（embedding）。
1注意事项
（1）包埋框要比组织块大，这样保证包成的蜡块组织四周都有蜡边。
（2）胃、肠、胆囊等组织，应将能看到组织学各个层面的一面作为切面。其它组织应将切面朝下。
（3）包埋蜡冬季用低熔点（56~58℃），夏秋季用高熔点蜡（60~62℃）。
（4）包埋蜡最好是经多次熔化、沉淀过的蜡，这样的蜡干净、致密，利于切片。
2脱水机脱水、透明、浸蜡时间
⑴70％乙醇1h。
⑵80％乙醇1h。
⑶95％乙醇Ⅰ1h。
⑷95％乙醇Ⅱ1h。
⑸95％乙醇Ⅲ1h。
⑹100％乙醇Ⅰ1h。
⑺100％乙醇Ⅱ1h。
⑻二甲苯Ⅰ30min。
⑼二甲苯Ⅱ1h。
⑽浸蜡Ⅰ1h。
⑾浸蜡Ⅱ1h
⑿浸蜡Ⅲ2h以上。
3手工组织脱水、透明、浸蜡时间
⑴70%乙醇1.5h.
⑵80%乙醇1.5h.
⑶95%乙醇从上午下班前进入直到下午上班。
⑷100%乙醇Ⅰ30min
⑸100%乙醇Ⅱ30min
⑹二甲苯Ⅰ15min
⑺二甲苯Ⅱ30~60min(肉眼观察透明即可)
⑻浸蜡过液。
手工浸蜡只有一节，故在组织透明后将沾在组织上的二甲苯尽量多去掉（一般是将组织倒在铺有数层滤纸上，再一个个拣回，或将整个脱水篮用力甩几下），再浸蜡。
（六）组织切片
1切片过程
把 切片刀架上，固定紧，然后将蜡块在切片机固定器上夹紧。先修块，左手转推进器，右手转轮盘，直到把组织全部切出，这时左手松掉推进器而持毛笔，右手旋围轮 盘，蜡片切成后，右手用小镊子摄蜡片，左手用毛笔沿刀锋轻轻把蜡片分开，切面朝下把切片放入50℃水中,摊平后用镊子轻轻将连续蜡片分开,再用载玻片捞 起,蜡片应捞在玻片的1/3处,蜡片厚度一般在3~5μm。
2注意事项
① 切片前蜡块要冷冻，这样容易切片，特别在夏秋季一定要冷冻，但不能把刚包埋好的热蜡块冷冻，否则会造成蜡块裂痕，一夹就碎。
②写号码用优质碳素墨水或用一边毛砂处理的载玻片时用铅笔写号即可。不需配制蛋白甘油。
③如遇难切的蜡片时，可用与蜡块切面差不多大小的薄纸潮湿后贴在蜡块上切片，然后将附有蜡片的一面朝上放入水中漂片。
④如遇易脱片组织（如血凝块、脑组织）时，可将载玻片上涂少许蛋白甘油后再捞片或用多聚赖氨酸处理过的玻片。
⑤总是切不出完整的蜡片，或皱缩或卷片，可能是刀不快。
⑥切出的蜡片总是皱缩，也可能是切片角度不对，慢慢调试，一旦有最佳磨刀角度和切片角度后不要随意改变。
⑦切片厚薄不匀或空片，可能是刀未固定紧或蜡块未夹紧，也可能是切片机有问题。
⑧烤片时间与温度有关，一般时间宁长勿短，否则会造成脱片。62℃6h以上，90℃15min以上。
⑨连续切片放入热水漂片时，不要捞取第一、二张蜡片，因为前2张蜡片厚、组织有空洞（镜下可见）。
⑩ 如遇硬脂酸石蜡处理的蜡块时，切的蜡片不能直接入热水漂片，否则蜡片会散碎而应先入冷水，然后再慢慢加热水。为了不影响切片、特殊染色及免疫组化的效果，目前，不用硬脂酸石蜡来代替二甲苯、石蜡。
（七）HE染色
1原理
HE染色也称苏木精-伊红染色，它是常规染色。
苏木精是一种天然染料，它本身并不能染色，在经氧化后变成苏木红才是真正的染料，苏木对细胞核的亲和力并不强，而在媒染剂的帮助下才能较好显示细胞核，此时细胞核呈红色，只有在碱性环境中，苏木才变成蓝色。
伊红Y是人工全盛染料，它可能是通过渗透或弥散作用完成染色的，因此和组织万分结合是不牢固的。它对细胞质着色。
2染色程序
①脱蜡
a.二甲苯Ⅰ5~10min
b.二四苯Ⅱ5~10min
c.100%乙醇1~2min
d.95%乙醇1~2min
e.自来水洗
②染色
a.苏木精浸染5min
b.自来水洗
c.1％盐酸乙醇分化数秒
d.自来水洗
e.蓝化（50℃左右温水）数分钟
f.伊红浸染数秒
g.自来水洗
③脱水、透明、封片
a.95％乙醇1min
b.100%乙醇Ⅰ1min
c.100%乙醇Ⅱ1min
d.100%乙醇Ⅲ1min
e.二甲苯-石碳酸液（3：1）1min
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